Wiarygodność producentów i produktów rolnictwa ekologicznego zapewnia kontrola, prowadzona przez upoważnioną  jednostkę certyfikującą. Wprowadzony w Polsce system kontroli i certyfikacji  tworzą:

-         Minister Rolnictwa i Rozwoju Wsi,  jako organ upoważniający prywatne jednostki certyfikujące do prowadzenia kontroli i wydawania certyfikatów;

-         Główny Inspektorat Skupu i Przetwórstwa Artykułów Rolnych, spełniający rolę urzędu nadzoru nad jednostkami certyfikującymi rolnictwo prowadzone metodami ekologicznymi i prowadzący rejestr producentów, którym przyznano  certyfikaty  zgodności;

-         jednostki certyfikujące rolnictwo ekologiczne. 

Do przeprowadzania kontroli w gospodarstwach i przetwórniach  produktów rolnictwa ekologicznego jest obecnie upoważnionych 7 jednostek. 

Upoważnione Jednostki Certyfikujące w Rolnictwie Ekologicznym 

1.      Polskie Centrum Badań i Certyfikacji - Biuro ds. Badań i Certyfikacji Oddział w Pile, 64-920 Piła, ul. Śniadeckich 5.

      Zakres upoważnienia:

      Przeprowadzanie kontroli, wydawanie i cofanie certyfikatów zgodności w zakresie:
             - produkcji rolnej oraz pozyskiwania dziko rosnących roślin lub ich części,
             - przetwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego,
             - wprowadzania do obrotu produktów rolnictwa ekologicznego pochodzenia zagranicznego.

2.      Jednostka Certyfikacji Produkcji Ekologicznej PNG Sp. z o.o. w Zajączkowie, 26-065 Piekoszów.

Zakres upoważnienia:

Przeprowadzanie kontroli, wydawanie i cofanie certyfikatów zgodności w zakresie:
- produkcji rolnej oraz pozyskiwania dziko rosnących roślin lub ich części (tylko grzyby),
- przetwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego.

3.      BIOEKSPERT s.c., 02-120 Warszawa, ul. Grójecka 109.

      Zakres upoważnienia:

 Przeprowadzanie kontroli, wydawanie i cofanie certyfikatów zgodności w zakresie:
- produkcji rolnej oraz pozyskiwania dziko rosnących roślin lub ich części,
- przetwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego,
- wprowadzania do obrotu produktów rolnictwa ekologicznego pochodzących z zagranicy.

4.      AGRO BIO TEST sp. z o.o., 02-787 Warszawa, ul. Nowoursynowska 166
www.agrobiotest.pl, agro.bio.test@agrobiotest.pl.

      Zakres upoważnienia:

 Przeprowadzanie kontroli, wydawanie i cofanie certyfikatów zgodności w zakresie:
- produkcji rolnej oraz pozyskiwania dziko rosnących roślin lub ich części,
- przetwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego, - wprowadzania do obrotu produktów rolnictwa ekologicznego pochodzących z zagranicy.

5.        COBICO Sp. z o. o, 31-559 Kraków, ul. Grzegórzecka 77, www.cobico.pl, cobico@cobico.pl, tel.: (012) 632-35-71
fax: (012) 416-36-46

Zakres upoważnienia:

Przeprowadzanie kontroli, wydawanie i cofanie certyfikatów zgodności w zakresie:
- produkcji rolnej (bez pszczelarstwa).    

6.        EKOGWARANCJA PTRE Sp. z o.o., 20-834 Lublin, ul. Irysowa 12/2, tel. (081) 742 68 64, (081) 742 83 15, fax. (081) 742 83 14, www.ekogwarancja.pl, biuro@ekogwarancja.pl

Zakres upoważnienia:

Przeprowadzanie kontroli, wydawanie i cofanie certyfikatów zgodności w zakresie:

- produkcji rolnej oraz pozyskiwania dziko rosnących roślin lub ich części,

- przetwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego,

- wprowadzania do obrotu produktów rolnictwa ekologicznego pochodzących z zagranicy.

7.   BIOCERT MAŁOPOLSKA Sp. z o.o., 31-503 Kraków, ul. Lubicz 25A, tel./fax 12 430-36-06, e-mail: sekretariat@biocert.pl, www.biocert.pl

Zakres upoważnienia:

        - certyfikacja ekologicznych gospodarstw rolnych

        - certyfikacja prztwórstwa produktów rolnictwa ekologicznego

Pełna kontrola w gospodarstwach i przetwórniach odbywa się corocznie, oprócz tego mogą mieć miejsce inspekcje dodatkowe. Kontroli podlegają wszystkie obiekty gospodarstwa (uprawy, budynki inwentarskie i magazynowe, wybiegi dla zwierząt, maszyny i urządzenia, przechowalnie), a także dokumenty (księgi rachunkowe, dowody zakupów środków do produkcji oraz surowców, księga gospodarstwa, księgi hodowlane, etykiety i materiały reklamowe, wykaz sprzedanych produktów, bilans zbiorów i zakupionych surowców). Na podstawie protokołu z kontroli sporządzonego przez inspektora jednostki certyfikującej ocenia się, czy gospodarstwo lub przetwórnia spełnia wymagane kryteria i na podstawie tej oceny wystawia się certyfikat zgodności, który upoważnia do obrotu  produktami rolnictwa ekologicznego. Przyjęło się, że kontrola obejmuje sposób produkcji, ponieważ to w jakich warunkach i w jaki sposób się produkuje, decyduje o jakości żywności; produkty bada się tylko w  przypadku uzasadnionych wątpliwości lub podejrzeń.  

Wszyscy rolnicy, którzy chcą zgłosić swoje gospodarstwo do kontroli w okresie przestawiania na ekologiczne metody produkcji, powinni przygotować wymagane dokumenty: mapę ewidencji gruntów gospodarstwa, zaświadczenie z urzędu gminy o wielkości gospodarstwa z nakazem płatniczym podatku rolnego, oczywiście gospodarstwo powinno spełniać wymienione w ustawie podstawowe wymogi. Okres przestawiania gospodarstwa na ekologiczne metody  produkcji trwa 2 lata, w wyjątkowych przypadkach okres ten może być skrócony do 1 roku, po tym okresie może zostać przyznany certyfikat. W okresie przestawiania gospodarstwo musi być pod kontrolą akredytowanej jednostki kontrolnej, która sprawdza zgodność działań rolniczych z wymaganiami zawartymi w ustawie o rolnictwie ekologicznym. Z chwilą uzyskania certyfikatu  gospodarstwo można nazwać – ekologicznym.